En 1950 les réformes territoriales aboutissent à l'abolition du système féodal zamindari24. Toutefois, malgré le poids économique et démographique de l'est, le gouvernement et les forces militaires pakistanais furent largement dominés par la haute société de l'ouest. Le mouvement de la langue bengalî de 1952 est le premier signe de tension entre les deux parties du Pakistan. L'insatisfaction à l'égard du gouvernement sur les problèmes économiques et culturels augmente dans la décennie qui suit, pendant laquelle la Ligue Awami émerge comme voix politique de la population bengalophone. Elle agit pour l'autonomie dans les années 1960. En 1966 son président, Mujibur Rahman, est emprisonné ; il est libéré en 1969 après une insurrection populaire.
En 1970 un énorme cyclone appelé Bhola dévaste la côte du Pakistan oriental ; le gouvernement réagit lentement. La colère de la population bengalî grandit quand Mujibur Rahman, dont la Ligue Awami avait obtenu la majorité au Parlement aux élections de la même année26, est empêché d'entrer en fonction. Après avoir mis en scène des pourparlers avec Mujibur, le président Yahya Khan le fait arrêter la nuit du 25 mars 1971 et lance Operation Searchlight27, une attaque militaire soutenue sur le Pakistan oriental. Les méthodes employées furent très sanglantes ; la violence de la guerre provoqua la mort de nombreux civils28. Parmi les cibles les plus importantes on trouve des intellectuels et des hindous ; environ dix millions de réfugiés s'enfuient en Inde29. Les estimations du nombre Femme/ Filles violé sont jusqu'au 300 000 morts vont jusqu'au 3 millions de personnes.
Ému par l'ampleur de la catastrophe, George Harrison — dont on connaît déjà l'intérêt pour le sous-continent indien — organise, a la demande de Ravi Shankar, le 1er août 1971 au Madison Square Garden de New York un concert au profit de la population affamée, c'est le premier véritable concert de charité de l'histoire.
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La plupart des leaders de la Ligue Awami quittent le pays et installent un gouvernement en exil à Calcutta, en Inde. La guerre dure neuf mois. Le guérilla Mukti Bahini et les troupes bengalî sont finalement aidés par les Forces armées indiennes en décembre 1971. Sous le commandement du lieutenant général Jagjit Singh Aurora, l'armée de terre indienne remporte une victoire décisive sur les Pakistanais le 16 décembre, prenant plus de 90 000 prisonniers de guerre32 pendant ce qui est nommé la Troisième Guerre indo-pakistanaise.
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